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Von den drei Ortschaften mit Namen Wöhr, ist das Dorf Niederwöhr das älteste. Seine Entstehung reicht in das 7. Jahrhundert zurück. In Niederwöhr befand sich nahe der Kirche eine mit doppelten Wall geschützte Wohnanlage, weshalb der Ort in ersten Urkunden auch Burgstall genannt wurde. Hier verfasste im frühen 13. Jhrd. der Dichter „Reinbot von Turn“ den mittelhochdeutschen „Georgsroman“, in welchem er in Vers 5296 auch das nahe gelegene Frauenkloster „Gisifelt“(=Kloster Geisenfeld) erwähnt. Es kann als weitgehend gesichert angesehen werden, dass Niederwöhr Stammsitz des „Geschlechts der Münsterer“ war. Auch auf den ältesten Karten war sogar die ganze Niederung zwischen Vohburg und Gaden mit Uerid (Werid) bezeichnet. Der Name Wöhr geht zurück auf das mittelhochdeutsche „wert“, welches so viel wie Insel oder erhöhtes, wasserfreies Land bedeutet. Niederwöhr hat heute 97 Einwohner und ist damit der kleinere der drei Wöhrer Orte.

Die Kirche St. Martin wurde im 12. Jahrhundert errichtet und 2017 renoviert.